Resterà chiuso per due anni. Il Museo dell'Opera del Duomo di Pisa riaprirà al termine di lavori che costeranno circa 2 milioni e mezzo di euro: le opere custodite al suo interno dovranno trovare una nuova collocazione, attualmente allo studio dell'Opera primaziale, tra le ipotesi, quella di accoglierle negli spazi ora occupati dalla mostra di Mitoraj.
Al termine dei lavori, al piano terra il percorso si svilupperà attraverso un ingresso che con scala e ascensore darà direttamente accesso ai piani superiori destinati a servizi di accoglienza e ristoro, al book shop: nella prima sala rimarrà esposta la Porta di Bonanno per accedere successivamente a tutte le altre sale destinate alla scultura. Al primo piano invece le tarsie lignee costituiranno le prime opere visibili all'uscita della scala di servizio per poi accedere alle tre grandi sale tematiche del Crocifisso, del Grifo e della Madonna Eburnea. Si accederà poi alle sale successive dove la novità più importante rispetto sarà quella del trasferimento in spazi prossimi al Camposanto Monumentale dell'intera collezione delle antichità.
In queste sale saranno esposti i tessuti e i paramenti sacri, le preziose opere metalliche e di oreficeria gia' esposte al piano terra nella cosiddetta Stanza del Tesoro, tutte le pergamene degli Exultet e i Corali miniati.