La prefettura di Pisa respinge le accuse del collegio dei revisori e, in una nota, precisa "Di non avere commesso alcuna ingerenza ma di avere esercitato il suo ruolo previsto dalla legge".
Tra le prerogative dell'organo, si legge ancora nella nota anche il diritto di "conoscere la tempistica di approvazione del bilancio di previsione".
La prefettura ribadisce di avere agito nel "principio di leale e costruttiva collaborazione" e sottolinea che le "previsioni del bilancio sono elaborate sulla base delle linee strategiche contenute nel documento unico di programmazione" e che "i termini possono essere differiti con decreto del ministro dell'Interno, d'intesa con il ministro dell'Economia e delle Finanze, sentita la Conferenza Stato-Città e autonomie locali, in presenza di motivate esigenze: al controllo sul rispetto di tali adempimenti è deputato il ministero dell'Interno tramite il prefetto"