La chiesa è regolarmente aperta e le messe celebrate. Lo dicono i Frati della parrocchia di San Francesco: "Alcuni quotidiani hanno detto che è chiusa, ma sbagliano. Così ogni giorno la parrocchia è sommersa dalle telefonate di persone che chiedono quando sarà la riapertura"
La chiesa non è mai stata chiusa in quanto il crollo del tetto ha interessato solo 3 cappelle laterali, che sono state immediatamente chiuse al pubblico, ma solo per precauzione, non essendoci danni.
Domenica 4 ottobre la Santa Messa delle 12 sarà celebrata dall’Arcivescovo di Pisa, Mons. Benotto, alla presenza delle autorità cittadine, in occasione della Festa di San Francesco d’Assisi, patrono d’Italia, che venne a Pisa nel 1211.