L'università di Pisa è al 201esimo posto nel mondo e al settimo in Italia, secondo le classifiche elaborate dall'Arwu di Shanghai e dall'Agenzia Qs diffusa dal National University Ranking di Taiwan.
Sono in tutto 36 le università italiane collocate tra le migliori 500, selezionate su una base di oltre 4mila istituzioni.
L'Università di Pisa è presente nelle prime 300 posizioni mondiali in tre settori su sei: le Scienze naturali, in cui è al 111esimo nel mondo e al 4esimo posto in Italia; la Medicina clinica e l'Ingegneria, rispettivamente al 204esimo e al 287esimo. L'Ateneo è infine presente in 11 discipline sulle 14 sottoposte a valutazione, con in evidenza quello della Fisica che occupa la 74a posizione al mondo e la quarta in Italia.